Dalam Buku II Bab XI RPJMN 2010-2014 Sistem Pendukung Manajemen Pembangunan Nasional disebutkan terdapat 7(tujuh) permasalahan dalam proses perencanaan pembangunan nasional, yang disebabkan oleh beberapa faktor, yaitu:
Pertama; belum sinerginya proses perencanaan pembangunan nasional dari pendekatan politik (proses politik) ke pendekatan teknokratik.
Kedua, dokumen perencanaan yang disusun belum menekankan pada perencanaan yang terfokus dan langsung dapat dilaksanakan.Dokumen perencanaan yang disusun cenderung masih berupa wish list. Program dan kegiatan yang direncanakan masih belum disusun berdasarkan pada ketersediaan anggaran. Hal ini mengakibatkan perencanaan yang disusun tidak dapat sepenuhnya dilaksanakan.
Ketiga, adanya ego atau kepentingan antarsektor yang seringkali dinyatakan sebagai kesulitan untuk melakukan koordinasi. Persoalan yang bersifat lintas sektor seringkali ditangani secara parsial dan terfragmentasi sehingga cenderung tidak menyentuh atau menyelesaikan persoalan yang sebenarnya.
Keempat, adanya anggapan atau asumsi bahwa dokumen perencanaan tersebut kurang mengakomodasi kebutuhan yang sebenarnya dari daerah dan antar wilayah.
Kelima, proses perencanaan teknokratik yang berbasis pada data sekunder dan primer, baik dari hasil monitoring dan evaluasi maupun hasil kajian/telahaan, dianggap masih belum memadai sehingga kekuatan data dan informasi dalam memproyeksikan arah pembangunan berikutnya masih lemah.
Keenam, masih terdapat kesulitan untuk memastikan adanya konsistensi antara perencanaan (program/kegiatan) pembangunan dan alokasi penganggarannya.
Ketujuh, belum optimalnya sistem pengendalian dan evaluasinya pembangunan. Hal ini mengakibatkan dokumen perencanaan nasional akan menjadi dokumen legal formal yang bersifat statis, yang kurang optimal dalam mengawal dan mengakselarasi proses pencapaian tujuan pembangunan nasional.
Catatan:
Terdapat satu kata lintas sektor dalam butir 3, ini terkait dengan masalah koordinasi yang mudah diucapkan dan sulit dilaksanakan.
