Terdapat 4 kata lintas sektoral dalam Buku II RPJMN 2010-2014, Bab IX Wilayah dan Tata Ruang sebagaimana uraian dibawah ini.
Persoalan daerah tertinggal dalam penanganannya bersifat lintas bidang, maka untuk mewujudkan pembangunan yang adil dan merata diperlukan percepatan pembangunan dengan didukung peran aktif dan kerjasama secara terpadu dari seluruh sektor terkait.
Pembangunan wilayah-wilayah tertinggal, perbatasan, kawasan strategis, kawasan rawan bencana, kawasan perkotaan, perdesaan, dan upayaupaya pengembangan ekonomi lokal, belum optimal dilaksanakan dan perlu dipercepat dan dikerjakan dalam kerangka lintas sektor, lintas pelaku, dan lintas daerah.
Lemahnya Kelembagaan dan Kerjasama dalam Membangun Keterkaitan Pengelolaan Sektor Publik Antar Kota
Meningkatnya pembangunan infrastruktur pelayanan publik di kota-kota besar di era otonomi daerah menciptakan konflik dalam pengelolaan perkotaan, khususnya pada pengelolaan sarana dan prasarana perkotaan yang sifatnya lintas wilayah, seperti transportasi, air bersih, dan persampahan. Konflik kepentingan antar wilayah ini dapat disebabkan oleh kurang adanya upaya optimal untuk melaksanakan pengelolaan secara terpadu yang didukung dengan lembaga pengelolaan perkotaan yang dapat berfungsi penuh untuk mengelola konflik dan urusan yang sifatnya lintas kota atau lintas wilayah.
Rendahnya Ketersediaan dan Kualitas Pelayanan Publik di Perkotaan
Kurangnya pelayanan publik yang memadai bagi seluruh penghuni kota juga menjadi masalah yang tidak pernah selesai, baik di kota-kota besar dan metropolitan maupun di kota kecil dan menengah. Dari mulai masalah transportasi kota, pelayanan dasar dan sarana prasarana perkotaan, selalu dihadapkan pada penyediaan dan pengelolaan yang kurang terintegrasi satu dengan lainnya. Belum lagi bila pengelolaan tersebut meliputi air baku, tempat pembuangan akhir sampah, pengendalian banjir, dan drainase yang memerlukan kerjasama lintas wilayah.
Rendahnya kapasitas sumber daya manusia dalam pengelolaan ekonomi daerah secara lintas sektor dan lintas wilayah. Kapasitas SDM aparatur daerah dalam mengelola ekonomi daerah secara lintas sektor masih rendah
Kurangnya kerjasama antar daerah dan kemitraan pemerintah-swasta dalam upaya pengembangan ekonomi lokal dan daerah a. Hubungan kerjasama antar daerah belum optimal, lintas provinsi dan lintas kabupaten/kota, baik dalam satu bagian pulau maupun lintas pulau dapat dilihat dari banyaknya perjanjian kerjasama antar daerah yang sudah ditandatangani, namun tidak diimplementasikan.
Terwujudnya sinkronisasi program pembangunan antar sektor dan antar wilayah yang mengacu kepada RTRW menjadi sasaran yang ingin dicapai dalam kegiatan koordinasi baik lintas sektor maupun wilayah. Hal ini dilakukan untuk memastikan bahwa pembangunan atau pemanfaatan ruang suatu wilayah telah sesuai dengan indikasi program yang tercantum dalam RTRWN.
Terwujudnya kesepakatan kerjasama pembangunan antarwilayah, yaitu antar wilayah perbatasan, antara negara, dan antar kawasan metropolitan yang terwujud dalam pembentukan badan kerjasama sehingga diharapkan terjadi peningkatan koordinasi dan keterpaduan pelaksanaan pemanfaatan ruang lintas wilayah.
Mengembangkan lembaga fasilitasi pengembangan ekonomi lokal dan daerah yang terintegrasi secara lintas stakeholder (pemerintah, dunia usaha, dan akademisi), serta berkelanjutan, baik di pusat maupun di daerah;
Peningkatan Kerja Sama Daerah
Strategi ini bertujuan untuk meningkatkan kualitas pelayanan publik yang potensial dikerjasamakan antar pemerintah daerah dan antara pemerintah daerah dengan dunia usaha. Di samping itu, kerja sama tersebut dapat memperkuat sistem dan regulasi bagi pengelolaan suatu isu atau kepentingan yang bersifat lintas daerah, misalnya wilayah aliran sungai dan wilayah perbatasan antardaerah, dalam bentuk kerja sama daerah.
Peningkatan Kapasitas Aparatur Pemerintah Daerah dan Anggota DPRD
Strategi ini mendorong aparatur pemerintah daerah agar berfungsi menjadi fasilitator dalam rangka peningkatan pelayanan publik berdasarkan SPM, penyelenggaraan pemerintahan daerah, serta pembangunan. Untuk itu, diperlukan regulasi, sistem, dan budaya kerja bagi aparatur pemerintah daerah yang mampu memberikan kepastian hukum, kenetralan dalam politik, kemudahan bekerja, kesesuaian pekerjaan dengan tingkat kompetensi, kejelasan jenjang karir (termasuk mutasi, rotasi, dan promosi secara lintas organisasi, lintas daerah, dan lintas tingkatan pemerintah), serta sistem reward dan punishment yang tepat dan memadai.
